La contaminación superficial de frutas y verduras varía en número y tipo, dependiendo del producto y del manejo, previo y posterior a la cosecha, que dicho producto haya recibido. Muchos de los microorganismos están asociados a partículas de tierra u otro tipo de suciedad adherida a la fruta, en cuyo caso la remoción es relativamente sencilla. Sin embargo existe flora asociada cuya remoción es difícil ya que se encuentran formando películas superficiales o están ocupando lugares poco accesibles como aberturas naturales o heridas.

El ozono es una gas que en agua dura aproximadamente 20 minutos, se descompone en oxígeno simple sin influir en la seguridad con respecto al consumo de ozono residual en los alimentos tratados, es decir no deja residuos tóxicos. También se puede usar para reciclaje de agua, es decir el agua con las que ozonifican frutas y/o verduras se puede reciclar.

Tradicionalmente, el tratamiento con ozono en frutas y verduras se ha llevado a cabo para la descontaminación de la superficie de frutas y verduras enteras, generalmente en fase acuosa.